2ybb » Respiratory complex I

3D view in Jmol or Webmol

Topology in Mitochondrial inner membrane

	intermembrane space side
	matrix space side

Type: 1. Transmembrane (3 classes)
Class: 1.1. Alpha-helical polytopic (106 superfamilies)
Superfamily: 1.1.004. Electron transport chain complex I (NADH dehydrogenase) (1 family) 3.D.1 (TCDB)
Family: 1.1.04.01. H+ or Na+ translocating NADH dehydrogenase (9 proteins) 3.D.1 (TCDB)
Species: Bos taurus (82 proteins)
Localization: Mitochondrial inner membrane (73 proteins)

2ybb » Respiratory complex I
Hydrophobic Thickness	30.0 ± 0.3 Å
Tilt Angle	9 ± 0°
ΔG_transfer	-310.3 kcal/mol
Links to 2ybb	PDB Sum, PDB, SCOP, MSD, OCA, MMDB
Topology	subunit c (N-terminus matrix space)
Resolution	19.0 Å
Other PDB entries representing this structure	none
Number of TM Secondary Structures	115

26 transmembrane subunits
c - Tilt: 11° - Segments: 1( 27- 50), 2( 82- 107), 3( 112- 130), 4( 180- 200), 5( 224- 245), 6( 288- 307), 7( 319- 339), 8( 348- 370)
d - Tilt: 3° - Segments: 1( 204- 225)
e - Tilt: 39° - Segments: 1( 33- 59)
g - Tilt: 52° - Segments: 1( 28- 41), 2( 43- 62)
j - Tilt: 26° - Segments: 1( 18- 36)
k - Tilt: 20° - Segments: 1( 18- 34)
L - Tilt: 4° - Segments: 1( 18- 39), 2( 55- 78), 3( 97- 117), 4( 142- 165), 5( 187- 211), 6( 230- 254), 7( 272- 293), 8( 301- 324), 9( 338- 361), 10( 371- 393), 11( 409- 430), 12( 450- 472)
m - Tilt: 12° - Segments: 1( 104- 121), 2( 206- 223), 3( 350- 360), 4( 405- 421), 5( 505- 520), 6( 607- 613), 7( 650- 663), 8( 707- 723), 9( 805- 821), 10( 904- 919), 11(1007-1018), 12(1105-1121), 13(1202-1218), 14(1303-1320), 15(1405-1417), 16(1505-1520), 17(1545-1552), 18(1582-1590), 19(1605-1620)
n - Tilt: 16° - Segments: 1( 104- 121), 2( 206- 223), 3( 305- 313), 4( 405- 423), 5( 505- 520), 6( 607- 613), 7( 707- 723), 8( 805- 821), 9( 904- 919), 10(1007-1021), 11(1105-1121), 12(1202-1218), 13(1304-1320), 14(1405-1417)
o - Tilt: 21° - Segments: 1( 104- 121), 2( 206- 223), 3( 305- 313), 4( 350- 360), 5( 408- 423), 6( 505- 520), 7( 607- 613), 8( 707- 723), 9( 805- 823), 10( 904- 918), 11(1007-1019), 12(1105-1121), 13(1202-1215), 14(1303-1314), 15(1406-1417)
R - Tilt: 2° - Segments: 1( 4- 8), 2( 15- 37)
T - Tilt: 6° - Segments: 1( 19- 40)
U - Tilt: 32° - Segments: 1( 30- 54)
V - Tilt: 9° - Segments: 1( 14- 35)
W - Tilt: 14° - Segments: 1( 21- 43)
X - Tilt: 18° - Segments: 1( 15- 36)
c - Tilt: 11° - Segments: 1( 27- 50), 2( 82- 107), 3( 112- 130), 4( 180- 200), 5( 224- 245), 6( 288- 307), 7( 319- 339), 8( 348- 370)
d - Tilt: 3° - Segments: 1( 204- 225)
e - Tilt: 39° - Segments: 1( 33- 59)
g - Tilt: 52° - Segments: 1( 28- 41), 2( 43- 62)
j - Tilt: 26° - Segments: 1( 18- 36)
k - Tilt: 20° - Segments: 1( 18- 34)
m - Tilt: 12° - Segments: 1( 104- 121), 2( 206- 223), 3( 350- 360), 4( 405- 421), 5( 505- 520), 6( 607- 613), 7( 650- 663), 8( 707- 723), 9( 805- 821), 10( 904- 919), 11(1007-1018), 12(1105-1121), 13(1202-1218), 14(1303-1320), 15(1405-1417), 16(1505-1520), 17(1545-1552), 18(1582-1590), 19(1605-1620)
n - Tilt: 16° - Segments: 1( 104- 121), 2( 206- 223), 3( 305- 313), 4( 405- 423), 5( 505- 520), 6( 607- 613), 7( 707- 723), 8( 805- 821), 9( 904- 919), 10(1007-1021), 11(1105-1121), 12(1202-1218), 13(1304-1320), 14(1405-1417)
o - Tilt: 21° - Segments: 1( 104- 121), 2( 206- 223), 3( 305- 313), 4( 350- 360), 5( 408- 423), 6( 505- 520), 7( 607- 613), 8( 707- 723), 9( 805- 823), 10( 904- 918), 11(1007-1019), 12(1105-1121), 13(1202-1215), 14(1303-1314), 15(1406-1417)
p - Tilt: 18° - Segments: 1( 104- 117), 2( 210- 223), 3( 305- 310), 4( 409- 423), 5( 505- 514), 6( 607- 613), 7( 707- 716), 8( 805- 812), 9( 904- 914), 10(1007-1021), 11(1105-1117)

Comments on 2ybb » Respiratory complex I
Core transmembrane subunits are from Thermus thermophilus.