OPM

UNIVERSITY OF MICHIGAN | COLLEGE OF PHARMACY | LOMIZE GROUP

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Type: Transmembrane (3 classes)
Class: Alpha-helical polytopic (156 superfamilies)
Superfamily: Photosystems (7 families)
Family: Photosystem I (71 proteins) 5.B.4 (TCDB) PF00223 IPR001280 PDBsum
Species: Thermosynechococcus elongatus (24 proteins)
Localization: Thylakoid membrane (192 proteins)

6kif >> Photosystem I-light harvesting supercomplex, with flavodoxin
Hydrophobic Thickness or Depth	30.2 Å
Tilt Angle	0°
ΔG_transfer	-609.7 kcal/mol
Links to 6kif	PDB Sum, PDB, MSD, MMDB, Encompass
Topology	subunit A (N terminus stroma)
Resolution	3.3 EM
Primary PDB represention	6kif
Other PDB entries representing this structure	none
Number of TM secondary structures	201
Membranome
Uniprot	FLAV_SYNE7, ISIA_SYNE7, P95823_SYNE7, PSAA_SYNE7, PSAB_SYNE7, PSAC_SYNE7, PSAE_SYNE7, PSAJ_SYNE7, PSAL_SYNE7, Q31NT9_SYNE7, Q31PI7_SYNE7, Q31PR9_SYNE7

Download OPM File: 6kif.pdb

PDB Sum, PDB

Topology in Thylakoid membrane

	thylakoid space
	stroma

3D view in GLMol | LiteMol | Jmol | iCn3D

Subunits: 42
1 - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
2 - Tilt: 5 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 263), 6( 299- 321)
3 - Tilt: 5 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
4 - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 88- 108), 3( 139- 159), 4( 203- 223), 5( 241- 261), 6( 301- 322)
5 - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 88- 108), 3( 139- 159), 4( 203- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
6 - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
a - Tilt: 5 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
A - Tilt: 4 - TM segments: 1( 75- 97), 2( 155- 176), 3( 196- 220), 4( 304- 321), 5( 364- 385), 6( 396- 417), 7( 450- 473), 8( 541- 562), 9( 603- 624),10( 678- 700),11( 735- 757)
b - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 88- 108), 3( 139- 159), 4( 203- 223), 5( 241- 261), 6( 301- 322)
B - Tilt: 2 - TM segments: 1( 49- 70), 2( 133- 153), 3( 175- 198), 4( 270- 289), 5( 334- 355), 6( 366- 387), 7( 421- 443), 8( 514- 534), 9( 576- 598),10( 644- 666),11( 705- 727)
c - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 159), 4( 203- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
d - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
e - Tilt: 4 - TM segments: 1( 75- 97), 2( 155- 176), 3( 196- 220), 4( 304- 321), 5( 364- 385), 6( 396- 417), 7( 450- 473), 8( 541- 562), 9( 603- 624),10( 678- 700),11( 735- 757)
f - Tilt: 2 - TM segments: 1( 49- 70), 2( 133- 153), 3( 175- 198), 4( 270- 289), 5( 334- 355), 6( 366- 387), 7( 421- 443), 8( 514- 534), 9( 576- 598),10( 644- 666),11( 705- 727)
F - Tilt: 27 - TM segments: 1( 78- 96)
G - Tilt: 4 - TM segments: 1( 75- 97), 2( 155- 176), 3( 196- 220), 4( 304- 321), 5( 364- 385), 6( 396- 417), 7( 450- 473), 8( 541- 562), 9( 603- 624),10( 678- 700),11( 735- 757)
H - Tilt: 2 - TM segments: 1( 49- 70), 2( 133- 153), 3( 175- 198), 4( 270- 289), 5( 334- 355), 6( 366- 387), 7( 421- 443), 8( 514- 534), 9( 576- 598),10( 644- 666),11( 705- 727)
I - Tilt: 19 - TM segments: 1( 8- 30)
j - Tilt: 27 - TM segments: 1( 78- 96)
J - Tilt: 24 - TM segments: 1( 12- 33)
k - Tilt: 19 - TM segments: 1( 8- 30)
K - Tilt: 10 - TM segments: 1( 16- 33), 2( 59- 80)
l - Tilt: 24 - TM segments: 1( 12- 33)
L - Tilt: 10 - TM segments: 1( 47- 69), 2( 73- 95), 3( 129- 149)
m - Tilt: 10 - TM segments: 1( 16- 33), 2( 59- 80)
M - Tilt: 16 - TM segments: 1( 3- 24)
n - Tilt: 10 - TM segments: 1( 47- 69), 2( 73- 95), 3( 129- 149)
o - Tilt: 16 - TM segments: 1( 3- 24)
q - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
r - Tilt: 5 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 263), 6( 299- 321)
R - Tilt: 27 - TM segments: 1( 78- 96)
s - Tilt: 5 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
S - Tilt: 19 - TM segments: 1( 8- 30)
t - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 88- 108), 3( 139- 159), 4( 203- 223), 5( 241- 261), 6( 301- 322)
T - Tilt: 24 - TM segments: 1( 12- 33)
u - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 88- 108), 3( 139- 159), 4( 203- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
U - Tilt: 10 - TM segments: 1( 16- 33), 2( 59- 80)
v - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
V - Tilt: 10 - TM segments: 1( 47- 69), 2( 73- 95), 3( 129- 149)
W - Tilt: 16 - TM segments: 1( 3- 24)
Y - Tilt: 8 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 262), 6( 299- 322)
Z - Tilt: 5 - TM segments: 1( 28- 52), 2( 87- 108), 3( 139- 161), 4( 202- 223), 5( 241- 263), 6( 299- 321)